آزمایشگاه مرکز ملی تحقیقات شوری با امکانات خوب و قابل قبولی که دارد امکان تجزیه نمونه های آب، خاک و گیاه را دارد. اهم وظایف این آزمایشگاه عبارتند از:
-مطالعه روش هاي مختلف تجزيه‌هاي آزمايشگاهي و انتخاب مناسبترين روش تجزيه خاك، آب و گياه
-انجام تجزيه‌هاي شيميايي مورد نياز طرح هاي تحقيقاتي مختلف مركز بر روي نمونه‌هاي خاك، آب و گياه
- انجام آزمايشات فيزيكي و تجزيه‌هاي مكانيكي نمونه‌هاي خاك مربوط به پروژه‌هاي تحقيقاتي
-پيش بيني و تامين لوازم، مواد شيميايي و تجهيزات آزمايشگاهي براي ستاد مركز و ديگر ايستگاه ها
همكاري و هماهنگي با ساير بخشهاي مركز در زمينة فعاليتهاي مربوطه
لیست اندازه گیری ها و دستگاه های موجود در آزمایشگاه